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胡适确认假设在科学发现中的意义，从另一方面看又意味着对发现方法的注重，在这方面，胡适的思路有别于后来的逻辑实证主义。
逻辑实证主义诚然十分重视科学方法，并对此作了多方面的探讨，但他们往往又存在着一种共同的趋向，即主要把科学方法理解为一种证实的方法，至于发现过程，则常常被归入心理学之域。
他们对科学研究程序的规定，也基本上限于验证过程的设计与展开。
这既体现了逻辑实证主义偏重于理论的逻辑建构，而相对忽视理论的发展过程的立场，也与其对科学研究本质的看法相关。
按逻辑实证主义之见，科学研究并不是一个摹写对象的过程，知识不外是对主体经验的逻辑重建，就此而言，逻辑实证主义与实用主义确实存在理论上的一致性。
[65]相形之下，胡适将“大胆的假设”
首先理解为一种发现的方法，似乎还不像逻辑实证主义那样褊狭。
尽管胡适对科学发现方法的阐释不见得有多少深度，但肯定科学方法的发现功能对完整地理解科学方法的作用，无疑是有意义的。
科学研究的展开过程，总是涉及归纳与演绎的关系。
作为经验主义的流派，实证主义往往较为注重归纳方法。
在第一代实证主义那里，这一趋向表现得更为明显。
穆勒便认为，传统的三段论（演绎逻辑）只是解释一般命题的方法，唯有归纳才能提供并验证一般的命题。
按照这种理解，演绎并不能视为获得新知的方法。
这种看法深深地影响了中国的近代哲学家，如严复便把演绎看作一种思辨，以为它始终无法超越已知：“夫外籀之术，自是思辨范围。
但若纯向思辨中讨生活，便是将古人所已得之理，如一桶水倾向这桶，倾来倾去，总是这水，何处有新智识来？”
[66]由此，严夏得出如下结论：“格致真术，存乎内籀。”
[67]这种观点和穆勒的归纳主义大致一脉相承。
与严复不同，胡适对穆勒轻视演绎的偏向颇有异议：“弥尔和倍根都把演绎法看得太轻了，以为只有归纳法是科学方法。”
[68]在胡适看来，归纳与演绎都是科学方法的必要环节，二者不可分离：“科学方法不单是归纳法，是演绎和归纳互相为用的，忽而归纳，忽而演绎。”
[69]对归纳与演绎关系的如上理解，当然还存在着把二者并列起来的机械论倾向，不过，相对于归纳至上的正统实证论，它无疑又体现了一种不同的眼光。
演绎在思维行程上表现为从一般原理到特殊事实的推论，与确认演绎方法的作用相应，胡适强调在整理、研究经验材料时，必须以学理为指导：“有了学理作参考材料，便可使我们容易懂得所考察的情形，容易明白某种情形有什么意义。”
[70]所谓以学理做参考比较，也就是运用一般理论知识对具体对象加以比较分析，以揭示其性质与特点。
胡适特别指出要引入西方科学研究成果，“欧美日学术界有无数的成绩可以供我们参考比较，可以给我们开无数新法门”
[71]。
这些看法，与后来的逻辑实证主义颇有不同。
逻辑实证主义将有意义的命题区分为分析命题与综合命题两类。
所谓综合命题，也就是经验范围的观察陈述。
为了保证观察陈述的客观性，逻辑实证主义往往要求净化一般的理论观念。
尽管他们后来也承认观察中总是难免渗入理论，但这一事实往往成为怀疑认识能否真正把握原始对象的根据。
相形之下，胡适似乎更多地从积极的方面考察理论背景在研究过程中的意义。
对科学方法的以上理解，构成了胡适评判清代朴学的治学方法的前提之一。
在总结清代朴学方法时，胡适一再肯定清儒的方法是归纳与演绎并用的科学方法。
[72]如前文所论及的，清代朴学虽然以归纳为重，但并不偏废演绎，二者的关系表现为会通其例与一以贯之的统一。
所谓会通其例，是指通过比较分析，概括出一般的义例，这种义例包括音韵理论、校勘规则等；一以贯之则是在一般条理通则的指导下考察千差万别的对象；前者主要是从个别到一般的归纳过程，后者则是由一般到个别的演绎过程。
尽管朴学很少从一般方法论的层面对归纳与演绎的过程作细致的规定，但其治学过程确实以朴素的方式体现了归纳与演绎的统一。
当胡适批评穆勒轻视演绎时，其方法论立场无疑更多地倾向于清代朴学的如上观念。
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