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注重条理分析是清儒治学的另一特点。
清代学者认为，古代的文献典籍及音韵文字并不是杂乱无章的，“循而考之，各有条理”
。
唯有把握这种条理，才能对具体材料作出正确的分析和综合：“务要得其条理，由合而分，由分而合。”
[73]在考据领域，所谓条理，主要是指通过会通其例而获得的普遍通则以及语言文字等理论。
尽管在考据领域之外，清儒对理论思维的作用并未达到应有的认识，如他们往往将历史事件与人物的宏观分析及古代文献的思想内容之评价视为“求于虚”
，以为求于虚不如求于实。
[74]然而，主张由明其理而分析具体对象，毕竟多少注意到了条理知识在整理材料中的作用。
胡适曾敏锐地指出这一点，在他看来，清代朴学所以卓然有成，原因之一便是“以小学为之根据”
[75]。
所谓小学，亦即语言文字学理论。
从逻辑上看，胡适正是由肯定理论在研究过程中的指导作用，进而确认传统朴学方法的科学性质。
当然，胡适虽然注意到了学理的作用，但实用主义的浸染又使他对学理的看法带有某种经验论的色彩。
如前所述，胡适将学理视为一种比较参考的材料，依此，则理论知识便似乎与经验材料处于同一序列，而理论与经验的并列，又往往容易导致二者的混同，从胡适的如下议论中，我们不难看到这一点：“经验的活用就是理性。”
[76]从经验即理性的观点出发，胡适常常把一般理论、主义贬为“抽象名词”
，这里同样表现明显的经验主义倾向。
与如上倾向相联系，胡适对演绎方法的理解也存在相当大的片面性，他诚然注意到演绎是科学方法的一个环节，但却未能注意数学方法在假设的推导、论证中的作用，在这方面，胡适与穆勒、严复等无疑又有相近之处。
[77]
从中国传统方法论思想的演变看，严复着重于引入西方近代的“实测内籀”
之学，其中既包括西方近代的科学方法，也内含着实证论的原则。
王国维对实证论亦作了双重理解，并开始注意到近代实证科学方法与朴学方法的沟通，但就总体而言，王氏更偏重于二者在历史考证中的结合。
作为胡适方法论思想来源之一的西学，同样包含双重内涵，即近代实验科学的方法与实用主义的原则。
不过，胡适在引入西学的同时，又力图从一般方法论的意义上将二者与清代朴学的治学原则结合起来，这种交融在科学主义思潮的演化中具有不可忽视的意义。
在近代科学方法与传统治学方法的沟通中，不仅科学方法本身的内在环节得到了多方面的阐发，而且实证论的偏向也获得了某种限制；前者从肯定的方面展示了科学方法的合理之维，后者则以否定的方式，疏离了理性化过程中的负面规定。
同时，西方近代的科学方法作为外来的观念，在未能找到传统的结合点时，往往会给人以异己之感，从而不容易为人所普遍认同与接受。
严复的实测内籀之学在当时之所以未能产生广泛的影响，与缺乏传统的接引显然不无关系。
而近代西方的“科学实验室态度”
（胡适语）一旦与传统朴学方法相互接轨，便开始在新的文化环境中获得了传统的根据，并相应地具有了某种合法性，从而不再仅仅是一种异己之物。
另一方面，传统方法的“科学性”
又反过来印证了科学方法的历史生命力：即使近代以前也同样未能脱离科学的王国。
如果说，合理性与合法性的如上结合，进一步赋予科学方法以一种可信而又可近的内在的力量，那么，科学在前近代的存在，则似乎将历史上的文化活动也囊括于科学之中。
这样，透过近代科学方法与传统方法的沟通交融，我们可以再一次看到科学版图的不断扩展与科学地位的层层提升。
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