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从如上的因果观出发，胡适进而否定了最后之因。
他说：“治历史的人，应该向这种传记材料里去寻求那多元的，个别的因素，而不应该走偷懒的路，妄想用一个‘最后之因’来解释一切的历史事实。
无论你抬出来的‘最后之因’是‘神’，是‘性’，是‘心灵’，或是‘生产方式’，都可以解释一切历史。
但是，正因为个个‘最后之因’都可以解释一切历史，所以都不能解释任何历史了！”
[60]对象产生或变化的原因确实往往是多重而非单一的，如果仅仅以某种一般模式去解释各种具体对象，那就难免或者陷入形而上的思辨，或者导向机械论或还原论。
然而，事物的发展固然受多重因素的制约，但这些因素并非彼此并立，其间往往存在着支配与被支配、主导与非主导等分别。
一般而论，对象的性质及演进方向，总是由占主导地位的根本原因所规定。
胡适否定最后之因，固然有反对思辨哲学的一面，但同时亦意味着以多元的、个别因素的罗列排斥对事物根本原因的探求，后者的逻辑结果则是停留于现象的描述，它既难以对事物作出如实的解释，亦无法正确地预测其发展方向。
可以看出，在实证论的制约下，胡适明变求因的历史方法始终未能突破现象主义的界限。
存疑的态度与明变求因从不同的方面对科学方法作了规定，由此进一步形成的问题是：从总体上看，科学研究过程究竟包含哪些环节？对此，胡适作了如下概括：“科学方法只不过是大胆地假设，小心地求证。”
[61]从某种意义上说，正是这一经典式的表述，构成了胡适方法论思想的核心，而胡适在现代思想史上的影响，也往往更多地与之相联系。
胡适对科学方法的如上概括，有其实用主义的渊源。
杜威曾将思维过程规定为五步：第一步，疑问的产生；第二步，确定疑问之所在；第三步，提出解决疑问的假设；第四步，推绎出假设所包含的结果；第五步，通过验证以接受或抛弃这种假设。
[62]这一思维过程论既是其探索理论的具体化，又具有方法论的意义。
胡适在《实验主义》一文中，便着重从方法论的角度对此作了详尽的介绍和阐释，而其大胆假设、小心求证的研究程序，在某种意义上亦可视为五步法的一种简化形式。
不过，作为实用主义者，杜威对怎样求真并不感兴趣，他的着重之点在于如何达到善的结果，与这一基本趋向相应。
杜威的五步，并不表现为一种认知的方法，其功能主要在于摆脱困境（从疑难走向确定）。
胡适尽管也把疑难的解决提到突出的地位，但他所说的大胆假设，并不仅仅以主体对确定性的追求为内容，在这方面，他的看法似乎更倾向于近代科学方法中的认知之维，而后者同时又成为他反观清代朴学的理论出发点。
清儒在治学中注重创新，戴震曾将这一原则概括为“但宜推求，勿为株守”
[63]。
株守是拘泥成说，推求则是通过创造性的思考，提出新的见解，这种见解最初未必以定论的形式出现，而往往带有尝试的性质，其形式接近于假设。
不过，在清儒那里，由推求而提出创见，并不仅仅在于解决主体的疑难境地。
如前文所述，它主要在于弄清对象的真相。
胡适已注意到了这一点，在他看来，清代朴学之所以成就空前，“正因为戴震以下的汉学家注释古书都有法度，都有客观的佐证，不用主观的猜测”
。
由此，胡适又进而对朴学的治学方法与西方近代实验方法作了沟通，肯定二者具有内在的一致性，并由此确认了朴学求是原则的科学性质。
朴学推求创新与求是相统一的治学方法在获得了科学的阐释之后，转而又对胡适本身产生了影响。
事实上，当胡适以实事求是为存疑方法之内核时，已浸染了朴学的精神。
这一点同样体现在胡适对假设—求证方法的理解上。
前文曾提及，“大胆假设，小心求证”
的方法论总则与杜威的探索方法存在理论上的渊源关系，但后者并不是胡适运用的唯一的资源。
如果作更全面地考察则不难看到，胡适对科学研究程序的如上规定，同时又有其传统的根源。
如果说，杜威的探索理论使胡适强调了尝试性的假设在科学研究中的作用，那么，清代学者将创新与求是统一起来的思路，则使胡适多少注意到了假设的认知功能。
胡适曾说，“假设不大胆，不能有新发明”
[64]。
这里的“发明”
也就是科学的发现，其目标在于揭示对象自身的内在规定（求真），它与实用主义追求效用（善）的目标取向，意味似乎颇有不同。
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