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[38]这里首先把史学的研究纳入科学之列，而其具体内容则不外乎材料的发掘、疏理。
史学的研究当然离不开史料，理论的分析也应当以史料为根据，但把史学研究归结为史料的汇集，则是经验科学研究模式的普遍化。
作为史料的汇集，史学研究的方法，主要被理解为史料的比较。
在论述史学方法时，傅斯年反复地强调了这一点：“假如有人问我们整理史料的方法，我们要回答说：第一是比较不同的史料，第二是比较不同的史料，第三还是比较不同的史料。”
所谓比较不同的史料，也就是对不同的历史记载加以对照，以了解事实的真相：“历史的事件虽然一件事只有一次，但一个事件既不尽止有一个记载，所以这个事件在或种情形下，可以比较而得其近真；好几件的事情又每每有相关联的地方，更可以比较而得其头绪。”
[39]这种史学方法与王国维的二重证据法颇有相通之处：二重证据所涉及的，同样是不同史料之间的比较参证。
不过，傅斯年以更为强化的形式突出了史料比较在史学研究中的意义，并由此对史学与实证科学作了进一步的沟通。
从史学即史料学这一前提出发，傅斯年反对在史学研究中进行疏通和推论：
我们反对疏通，我们只是要把材料整理好，则事实自然显明了。
一分材料出一分货，十分材料出十分货，没有材料便不出货。
两件事实之间，隔着一大段，把他们联络起来的一切涉想，自然有些也是多多少少可以容许的，但推论是危险的事，以假设可能为当然是不诚信的事。
所以我们存而不补，这是我们对于材料的态度；我们证而不疏，这是我们处置材料的手段。
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这里所谓疏通和推论，主要是指理论的分析和阐释。
相对于材料的考辨与整理，理论的分析总是涉及对材料的抽象和推论，并要求把握材料之间的逻辑关联。
傅斯年主张对材料存而不补，固然表现了尊重事实的立场，但由此强调证而不疏，则多少将材料的整理与理论的分析视为两个不相容的序列。
对理论疏通和推论的如上拒斥，无疑体现了史学科学化的意向，但其中渗入的科学观念，又明显带有实证论的印记。
史学的任务既然只是整理材料，而非理论的阐释，则衡量史学的进步，也主要以材料的积累和扩展为根据。
傅斯年曾言简意赅地指出了这一点：“凡一种学问能扩张他研究的材料便进步，不能的便退步。”
[41]与之相应，在史学研究中能否超越前人，主要便取决于是不是能发现新的材料：“我们要能得到前人所得不到的史料，然后可以超越前人。”
[42]从某些方面看，史学研究的深化和拓展确实与新材料的发掘相联系，然而，史学研究的进步并非仅仅体现于新材料的发现，随着理论视野的扩展，社会文化背景的变迁，人们往往可以从已有的材料中读出新的内容、揭示新的意蕴。
傅斯年将史料的发现和积累视为史学发展的唯一条件，似乎以经验主义的科学观限定了史学。
事实上，傅斯年确实将经验科学理解为一种理想的范式，在著名的《历史语言研究所工作之旨趣》一文中，傅斯年要求“把历史语言学建设得和生物学地质学等同样”
，亦即将生物学、地质学这一类经验科学，视为历史学的样板，以之作为史学的努力目标。
为了使史学达到科学之境，傅斯年甚而主张将经验科学的方法引入历史学：“地质，地理，考古，生物，气象，天文等学，无一不供给研究历史问题者之工具。”
[43]以史学为史料学，实质上即表现了对经验科学的某种效法：通过材料的发掘与整理以把握具体事实之真，同时也就是傅斯年所理解的地质学、生物学等科学的研究方式。
以经验科学为样式，同样体现于对史料本身的理解。
傅斯年将史料区分为直接史料与间接史料二类，凡未经中间人手修改省略、转写的，是直接史料；经过修改或省略、转写的，则是间接史料。
傅斯年所说的直接史料，与王国维所谓地下材料有相通之处。
不过，王国维所理解的地下材料，基本上是指刻有文字的甲骨、金文等，如前所述，它固然不同于纸上的文献，但仍是一种文字记载；相形之下，傅斯年赋予直接史料以更广的内涵。
除了甲骨彝鼎等刻有文字的材料之外，在傅斯年那里，直接史料还包括考古实物，如陶器、铜器、房屋及前人所制造和使用的其他器物。
按傅斯年的看法，“古代历史，多靠古物去研究，因为除古物外，没有其他的东西作为可靠的史料。”
[44]作为实物，地下考古材料似乎更接近实证科学研究的对象；从地下的文字材料，到地下的考古实物，史学进一步在研究对象上向实证科学靠拢。
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