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图7.4修昔底德头像
在余生中，修昔底德继续撰写、修订其著作，直至去世[37]。
与希罗多德追求博闻强识、喜好搜罗奇闻逸事不同，修昔底德则将希腊古代传说以及与其叙述主题无关的社会文化方面的事实排除出历史之外，只专注于记述当代的军政大事，从而开创了后世西方政治军事史的传统。
修昔底德《伯罗奔尼撒战争史》（以下简称《伯战史》）主要记述了公元前5世纪下半叶雅典同盟与伯罗奔尼撒同盟之间发生的、对希腊城邦发展产生重大影响的一场战争。
全书主题明确，结构严谨，与希罗多德《历史》的博大松散、枝蔓丛生形成了鲜明对比。
全书分为8卷，较严格地按照时间顺序对战事展开叙述，从而使各卷之间保持着紧密的内在联系。
在第1卷，修氏阐述了撰述目的和方法，通过古今比较，说明他所描述的伯罗奔尼撒战争是人类历史上前所未有的“伟大战争”
，并考察了战争爆发的根本原因和表面原因。
第2卷至第5卷第24节记载了从战争爆发至《尼西阿斯和约》的签订前十年（公元前431—前421年）的战事（所谓“阿基达玛斯战争”
）。
第5卷的其余部分叙述了签订《尼西阿斯和约》期间（公元前421—前415年）的相关史事。
第6卷和第7卷详细记载了雅典的西西里远征始末。
第8卷叙述战争的最后阶段，即狄西里亚战争或伊奥尼亚战争。
修昔底德告诉我们说，他试图记述战争的整个过程，直到公元前404年“拉西第梦人及其同盟者摧毁雅典帝国，占领长城和比雷埃夫斯为止”
[38]。
然而修氏最终并没有完成原定写作计划，其著作记事至公元前411年冬便戛然而止，甚至连最后一句话也没有写完。
修昔底德撰史所依据的资料主要是他个人的经历、观察和目击者的证词，间或也运用了史诗、地方编年史、档案、铭文等文献和考古证据。
但修昔底德使用文献资料大多“与过去的历史有关”
。
“我们认为最保险的历史研究方法在修昔底德看来只是第二位的，只有在不可能获得确实和详细资料的情况下，用来替代直接的观察。”
[39]在修昔底德看来，诗人和散文编年史家的记载均难以凭信，“因为诗人常常夸大事实”
，而散文编年史家“追求的是吸引听众而不是说出事实真相”
[40]。
对于自己的亲身经历、观察所得和目击者的证词，修昔底德确立了严格的批判原则。
他说：“这些材料的确凿性，我总是尽可能用最严格、最仔细的方法检验过的。
然而，即使费尽了心力，真实情况也还是不容易获得的：不同的目击者，对于同一个事件会有许多不同的说法，因为他们或者偏袒这一边，或者偏袒那一边，而记忆也不一定完全可靠。”
[41]
修昔底德的著作中还包括了大量的演说词。
据学者统计，演说词占全书内容的近四分之一，特别是在前三卷，演说词几乎占了三分之二[42]。
对于演说词，修昔底德也明确提出自己的处理原则：“一方面使演说者说出我认为各种场合所要求说的话，另一方面当然要尽可能保持实际所讲的话的大意。”
[43]由此可见，修昔底德较希罗多德更进一步对不同类型史料的价值及其局限作了区分，并把对史料的批判提升到方法论的层面，确立了史料批判原则。
因此，修昔底德在史学求真方面一直是古代史家的典范，近代实证主义史家更是将其视为批判的、客观的、科学的历史学家的先驱。
修昔底德撰史致力于叙述人的历史，在他那里，宗教神灵是没有地位的。
如果说希罗多德在叙述和分析一些历史事件时，还相信天命神意的作用，修昔底德在《伯战史》中则将神严格排除出历史之外，较彻底地斩断了神人之间的联系。
他引用伯里克利的话：“人是第一重要的；其他一切都是人的劳动成果。”
[44]《伯战史》虽然记载了尊奉神灵之事，但那是反映当时人们的行为。
修昔底德自己分析和解释历史事实，则断然地将神灵的作用排除在外。
修昔底德叙史中也提到地震、水灾、月食等自然现象，这些自然现象或多或少对人事有影响。
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