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然而，经传的辨伪与古史的存疑毕竟有所不同：后者涉及更广意义上的观念转换。
事实上，顾颉刚的疑古思想，亦并非仅仅是历史上辨伪传统的简单延续，它更有其近代的思想背景。
从学术思想看，章太炎和康有为是对顾颉刚产生重要影响的两位近代思想家。
章太炎上承王阳明、章学诚，将六经视为史，并把孔子看作历史上的哲人和学者，从而冲击了经学独尊的观念，顾颉刚在大学期间，常常去听章太炎的讲座，章氏的观点对顾颉刚走出经学之域、以新的眼光审视历史无疑具有触动作用。
与章太炎在经学上互为水火的康有为，给顾颉刚的是另一种影响。
康有为在《孔子改制考》中指出：上古事茫昧无稽，孔子时夏殷的文献已苦于不足，何况三皇五帝的史事。
顾颉刚读后，对“长素先生这般的锐敏的观察力，不禁表示十分的敬意”
[6]。
康有为的这种存疑态度及《新学伪经考》中的疑古精神，对顾颉刚怀疑古史同样具有激发的作用。
章太炎、康有为虽然尚未完全摆脱经学的门户，但其学术思想所体现的却是一种近代的观念。
无论是章太炎的等观经史，抑或康有为的辨伪存疑，都蕴含着对传统价值观的偏离。
在陈独秀、胡适那里，这种偏离进而引向了对传统价值系统更为激烈的冲击，后者在顾颉刚的思想中也有所折射。
顾颉刚在北京大学学习期间，便已留意陈独秀主编的《新青年》，它所代表的新思潮，为顾颉刚的疑古史观提供了更直接的推动力量。
顾颉刚在《古史辨·自序》中曾谈到了这一点：“以前我虽敢作批评，但不胜传统思想的压迫……到这时，大家都倡思想革新，我始有打破旧思想的明瞭的意识。”
[7]《新青年》以民主和科学为旗帜，而科学的精神又常常被理解为不盲目信从传统的观念，对古史的存疑态度，可以看作是这种科学精神的体现。
科学观念所蕴含的怀疑精神，在胡适那里同样得到了多方面的展示。
胡适在北京大学讲中国哲学史，以《诗经》作时代的说明，撇开唐虞夏商，从周宣王讲起。
这一历史序列，实际上悬置了三皇五帝的传说时代，它对顾颉刚质疑传统的古史系统提供了一个具体的范例。
顾颉刚后来在《古史辨·自序》中自述，“从此以后，我们对于适之先生非常信服”
。
除了对古史的具体论述外，胡适还从方法论的层面，提出了存疑的原则，主张“以怀疑的态度研究一切”
。
作为一种方法论原则，怀疑的态度要求对一切以往的观念、信仰、学说等重新作批判的审察，它从更普遍的层面引导了顾颉刚的史学研究。
如果说，姚际恒、崔述等的辨伪还带有某种学术异端的意味，那么，近代思想家，特别是陈独秀、胡适等的工作则更多地体现了对科学理性的追求。
事实上，陈独秀、胡适当时都是科学的推崇者，《新青年》的两大旗帜之一，便是科学；而胡适的存疑原则，也首先归属于所谓科学方法。
同样，在顾颉刚那里，对古史的存疑，也与科学的理性相联系。
顾颉刚曾对治学原则作了这样的规定：“今既有科学之成法矣，则此后之学术应直接取材于事物。”
[8]而从疑古的角度看，科学的成法又体现为一种理性的精神：
到了现在，理性不受宗教的约束，批评之风大盛，昔时信守的藩篱都很不费力地撤除了，许多学问思想上的偶像都不攻而自倒了。
[9]
我的心目中没有一个偶像，由得我用了活泼的理性作公平的裁断，这是使我极高兴的。
[10]
理性与宗教分野的背后，是科学与信仰的对峙；理性摆脱宗教的约束，意味着科学对信仰的超越。
在此，科学的立场与理性的态度融合为一，它既构成了对古史存疑与自由批评的前提，又为这种存疑与批评提供了内在的推动力。
在顾颉刚的古史辨中，确实可以看到一种科学的理性精神。
存疑当然并不是疑古史观的全部内容，从史学研究的角度看，对古史的存疑，本身需要经过论证，后者则涉及具体的治史方法。
与胡适相近，顾颉刚对清代学者的治学方法甚为推重。
他曾作《清代著述考》，对清代学者的著述版本等作了考证和辑录。
顾颉刚后来自述：“从这种种的辑录里，使我对于清代的学术得有深入的领会。
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