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三质测与通几
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在推重西方科学的逻辑方法、实证原则的同时，明清之际的思想家对西方科学往往也有所批评。
王锡阐在比较中西历法时，曾指出：“夫历理一也，而历数则有中与西之异。
西人能言数中之理，不能言理之所以同。”
[26]这里，值得注意的并不是明清之际学人对西方历法的具体评价，而是其中所流露的对“同”
的关注。
“同”
所表征的，主要是普遍性的品格，理之所以同，似乎已超越了具体的经验之域。
不难看出，相对于科学对特殊对象的把握，对理之所以同的追问，多少蕴含着一种形而上的指向。
对“理之所以同”
的关注，当然并不限于个别思想家。
与王锡阐相近，方以智在肯定西方的质测之学的同时，也曾对西学提出责难：“彼详于质测，而不善言通几，往往意以语阂。”
[27]通几所涉及的，就是最普遍层面的理之同，亦即形而上之域。
在方以智看来，西学固然长于具体经验领域的研究，但对形而上问题的探讨（通几）并不足道，而这种以普遍之理为对象的通几之学对方以智来说又是极为重要的方面。
事实上，在方以智那里，通几诚然不能脱离质测，但它本身往往有时而渗入质测之中。
以声、光等自然现象的研究而言，方以智虽然读过介绍西方光学的《远镜说》，但在具体解释时，却诉诸“气”
这一传统哲学的范畴：“气凝为形，蕴发为光，窍激为声，皆气也。”
[28]声、光本属具体经验领域的物理现象，气作为本体论或宇宙论的范畴，具有某种形而上的性质：它无所不在而又构成了万物的本源；以气解释光与其说是一种质测（科学）层面的规定，不如说是通几（哲学）的界说，这里似乎多少可以看到质测之学形而上化的趋向。
就更广的视域而言，在西学东渐之初，东西学人便开始从不同角度对中国传统的形上学与西学作种种的沟通。
徐光启在介绍利玛窦所传入的西学时，曾指出：
顾惟先生之学，略有三种：大者修身事天，小者格物穷理，物理之一端别为象数，一一皆精实典要，洞无可疑。
[29]
这里的格物穷理主要指质测之学（科学），利玛窦本人亦以格物穷理指称西方科学：“夫儒者之学，亟致其知，致其知，当由明达物理耳。
物理渺隐，人才顽昏，不因既明，累推其未明，吾知奚至哉！
吾西陬国虽偏小，而其庠校所业格物穷理之法，视诸列邦为独备焉。”
[30]以格致称科学，已启近代之先绪。
但同时，格物穷理又常常被用来表示“费禄苏菲亚”
，费禄苏菲亚即Philosphia的音译，意为哲学，如徐光启与毕方济合译的《灵言蠡勺》，即以“格物穷理”
译“费禄苏菲亚”
。
这样，在明清之际，格物穷理既是一个实证科学的概念，又被规定为一个形而上的范畴；概念的这种交融固然与“格物穷理”
本身的多义性相联系，但它同时亦折射了某种沟通形而下与形而上的理论意向。
实证科学与形而上学的如上沟通，亦体现于对逻辑与数学的理解之中。
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