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《阿弥陀经疏钞问辨》一卷
《四十八问答》一卷
《净土疑辨》一卷
《西方发愿文》一卷
《遗教经论疏节要》一卷
《禅关策进》二卷
《梵网菩萨戒疏发隐》七卷
《沙弥律仪要略》一卷
《往生集》三卷
《缁门崇行录》一卷
《直道录》一卷
《自知录》一卷
《山房杂录》二卷
《云栖遗稿》三卷
《竹窗随笔》三卷
《正讹集》一卷
此外尚有《云栖规约》、《僧训日记》、《戒杀放生文》、《放生仪》等小篇。
盖云栖本出于禅，又盛弘念佛，与天台蕅益，并称明末二大明星。
闻谷大师广印，云栖弟子也；为作塔铭称之曰：“一度弟子，千有余人；得戒弟子，万有余人。”
足证其化导之盛。
紫柏真可大师，亦当时英俊，尝至京师参遍融禅师；后游诸方，历参知识。
念《大藏》经卷帙重多，外间不易得见；因改刻方册，俾易流通；命其弟子密藏、幻予，先后任刊刻之事；贮板于径山寂照庵；世所称《径山藏》是也。
闻谷碑铭中，称闻谷慕紫柏事迹，兴寺于其旧址。
憨山大师亦颇忻慕之。
著有《般若心经说》（一卷）、《般若心经要论》（一卷）、《般若心经直谈》（一卷）、《紫柏老人集》（二十九卷）、《紫柏老人别集》（四卷）等书。
其嗣法系统亦不明。
（五）诸宗融合之倾向
宋初佛教再兴，汴京中央诸寺，仅有法相宗、南山律宗；禅宗、天台宗，只盛行于江南；其北传也，为时颇后；前已述之。
是知法相宗，自为天台宗荆溪大师论破以后，尚借玄奘余力，行于京都；已无学德兼备者，足传于后世；降及元代，历史所传者，惟镇江普照寺之普喜（吉祥禅师）、秦州景福寺之英辨（普觉）、及云岩之志德（佛光大师），称为元初学者而已；又明代有明昱者，唯识宗掉尾之大家也；著有《三十唯识约意》（一卷）、《百法明门论赘言》（一卷）、《观所缘缘论会释》（一卷）、《观所缘缘论释记》（一卷）、《唯识论俗诠》（十卷）、《因明入正理论直疏》（一卷）、《三支比量义钞》（一卷）等书；但自唐武宗会昌法难后，玄奘弟子窥基等所著之论疏，皆遭焚毁，中土失传；明昱殆未寓目；其传承既不详；所说亦多乖玄奘本旨；凡明代人之解释法相者，皆有此误，固不独明昱为然也。
明代禅、教、讲之区别，恐系宋末以来一般人之说；其教中似含有秘密佛教之仪式；故秘密佛教，在社会方面，颇占一部分势力；但在佛教史上，则无可记之事实。
唐末宋初，秘密佛教人材间出，自后即不能窥知矣。
华严宗，宋初有长水子璿，即世所称长水大师是也。
自澄观大师传圭峰；圭峰传彻微；彻微传海印；海印传法灯；法灯传长水；华严宗至此，始复兴盛。
相传长水初学华严于秀州洪敏，后闻琅玡慧觉汾阳善昭之下之名，随之学禅。
将嗣其法，琅玡谓之曰：“汝宗不振久矣；宜励志扶持，以报佛恩。”
乃奉师训，居长水说《华严》，其徒多及千人。
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