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首先，要厘清行政性事务与学术性事务。
一般而言，有关教学、科研等的学术工作属于学术性事务，有关人、财、物等的行政工作属于行政性事务。
其次，加强学术组织建设，健全以学术委员会为核心的学术管理体系与组织架构，合理确定学术组织人员的构成，制定学术组织章程，保障学术组织依照章程行使职权，充分发挥其在学科建设、学术评价、学术发展和学风建设等方面的重要作用，积极探索教授治学的有效途径。
3.尊重高等学校“松散联合系统”
的组织特性，扩大院系的自主权
作为以知识或学术发展为根本任务的学术性组织，高等学校的重心在基层，而且知识的高度专业化使得各院系之间的联系趋于松散，形成相对独立性，使得高等学校呈现出一种“有组织的无序状态”
，成为一种“松散联合系统”
。
根据高等学校的这种组织特性，高等学校微观管理体制和权力配置的改革应该遵循以下几个思路：第一，明确划分学校和院系的权限，将管理权力的重心放在学院，赋予院系在学校的领导下统筹本单位教学、科研、开发、师资队伍建设和学科建设工作，统一管理本单位的人事、财务、资产、学生培养教育和思想政治工作的权力，同时提高学校一级的管理水平。
第二，建立分权的微观管理体制。
在高等学校一级，可以建立强有力的统一的决策机构、执行机构、咨询机构和反馈机构，行政权力与学术权力并重，但分而治之；但在院系一级应该充分放权，以充分发挥学术权力的作用为主，淡化行政权力，强化学术管理，充分发挥院系学术委员会、学位委员会、教学指导委员会等组织的作用；对基层组织的教学科研人员，应该保证其教学自由、研究自由，调动其积极性和独创性。
第三，建立适当分散的权力配置模式。
高等学校组织的“松散联合系统”
特征，要求改变权力集中在各级组织负责人一人身上的局面，适度分散权力，使校长、行政管理人员、院长和系主任、教学科研人员、学生、社区代表等都有一定的决策权。
4.加强民主管理，建立党务公开和校务公开制度
坚持并完善党委领导下的校长负责制，不仅要充分发挥党委在学校工作中的统一领导，校长在学校党委领导下组织实施学校党委有关决议，而且要充分发挥教职工代表大会在民主管理、民主监督和维护教职工合法权益等方面的重要作用；坚持和完善学生代表大会制度，充分发挥其作为学校与学生之间的桥梁纽带作用；探索建立高等学校理事会或董事会，健全社会支持和监督学校发展的长效机制；实行党务公开和校务公开，及时向师生员工、群众团体、民主党派、离退休老同志等通报学校重大决策及实施情况。
[1][美]卡扎米亚斯、马西亚拉斯：《教育的传统与变革》，福建师范大学教育系等译，231～232页，北京，文化教育出版社，1981。
[2]《各大行政区高等学校管理暂行办法》，见何东昌：《中华人民共和国重要教育文献（1949—1975）》，14页，海口，海南出版社，1998。
[3]《政务院关于高等学校领导关系问题的决定》，见何东昌：《中华人民共和国重要教育文献（1949—1975）》，44页，海口，海南出版社，1998。
[4]新中国成立后，教育部和高等教育部曾几分几合：1949年11月1日，教育部成立；1952年11月15日，高等教育部成立；1958年2月11日，高等教育部和教育部合并为教育部；1963年12月16日，教育部又设为高等教育部和教育部；1966年7月23日，又将高教部和教育部合并为教育部；1985年6月18日，国家撤销教育部，设立国家教育委员会；1998年3月10日，国家教育委员会更名为教育部。
[5]《政务院关于修订高等学校领导关系的决定》，见何东昌：《中华人民共和国重要教育文献（1949—1975）》，212页，海口，海南出版社，1998。
[6]杨秀峰：《当前高等教育工作中的几个主要问题》，见何东昌：《中华人民共和国重要教育文献（1949—1975）》，642页，海口，海南出版社，1998。
[7]《中共中央关于高等学校和中等技术学校下放问题的意见》，见何东昌：《中华人民共和国重要教育文献（1949—1975）》，812页，海口，海南出版社，1998。
[8]《中共中央、国务院关于教育事业管理权力下放问题的规定》，见何东昌：《中华人民共和国重要教育文献（1949—1975）》，850页，海口，海南出版社，1998。
[9]《中共中央、国务院关于教育工作的指示》，见何东昌：《中华人民共和国重要教育文献（1949—1975）》，861页，海口，海南出版社，1998。
[10]《中华人民共和国教育部直属高等学校暂行工作条例（草案）》，见何东昌：《中华人民共和国重要教育文献（1949—1975）》，1061页，海口，海南出版社，1998。
[11]《中华人民共和国教育部直属高等学校暂行工作条例（草案）》，见何东昌：《中华人民共和国重要教育文献（1949—1975）》，1061页，海口，海南出版社，1998。
[12]《中共中央、国务院对高等学校领导、管理问题两个文件的批示》，见何东昌：《中华人民共和国重要教育文献（1949—1975）》，1183页，海口，海南出版社，1998。
[13]《邓小平文选》第2卷，52页，北京，人民出版社，1994。
[14]《高等教育管理职责暂行规定》，见何东昌：《中华人民共和国重要教育文献（1976—1990）》，2392～2394页，海口，海南出版社，1998。
[15]《国家教委关于加快改革和积极发展普通高等教育的意见》，见何东昌：《中华人民共和国重要教育文献（1991—1997）》，3451页，海口，海南出版社，1998。
[16]《中国教育改革和发展纲要》，见何东昌：《中华人民共和国重要教育文献（1991—1997）》，3469～3470页，海口，海南出版社，1998。
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