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在中共中央和国务院的统一领导下，中华人民共和国教育部（以下简称中央教育部），国务院其他各部、委（以下简称中央各业务部门）和省、市、自治区人民委员会，对高等学校的管理工作进行适当的分工合作，共同办好高等学校。”
[12]该文件还对中央教育部、中央各业务部门和省、市、自治区人民政府管理高等教育的职权分工做了规定。
根据该文件，中央教育部是在中共中央和国务院的直接领导下管理全国高等学校的行政机关，中央各业务部门协同教育部分工管理一部分高等学校。
省、市、自治区政府和高教（教育）厅、局在地方党委的领导下，根据中央的方针政策、计划和规章制度，进行中央授权的行政管理工作，直接管理一部分高等学校，并在工作中同时对教育部负责；省级有关业务厅、局协同高教（教育）厅、局分工管理与本部门业务有关的高等学校，并在工作中接受中央有关业务部门的指导。
这个时期开始形成全国高等学校在中央统一领导下，由中央部、委和省、市、自治区两级管理的体制。
这为加强国家对教育工作的宏观管理和指导，同时调动各方面办学的积极性起到了积极作用。
经过调整，全国高校由1960年的1289所下降至1963年的407所，到1965年，全国有高等学校434所，其中，由高等教育部直接管理的有34所，由中央业务部门管理的有149所，由各省、市、自治区管理的有251所，形成了中央统一领导、中央与地方分级管理的格局。
（四）管理失控阶段（1966—1976年）
从1966年到1976年，我国处于“**”
时期。
“**”
期间，包括高等学校在内的教育事业成为斗争的焦点，高等学校的管理权力再次下放，一些高等学校被撤、并、迁，正常的管理体制被打乱，高等学校处于管理失控状态。
管理权力的再次下放是从招生权力下放开始的。
1966年6月，中共中央批转教育部党委《关于改进1966年高等学校招生工作的请示报告》，决定将招生工作下放到大区或省、市、自治区办理，继续采取推荐与考试相结合的办法，招收经过“三大运动”
（土地改革、抗美援朝、镇压反革命）、有高中毕业文化程度的工农青年入学。
1966年7月，《中共中央、国务院关于改革高等学校招生工作的通知》出台，决定根据中央关于领导体制适当下放、充分发挥地方积极性的精神，从当年起，高等学校招生工作下放到省、市、自治区办理；教育部负责编制各高等学校招生计划和检查各地贯彻执行中央的方针政策，以及完成招生任务的情况。
1969年2月，全国计划工作座谈会召开。
座谈会根据毛泽东关于经济建设问题的一系列指示，批判了所谓“条条专政”
，提出条块关系要以“块块”
为主，绝大多数企业要有准备、有步骤地下放。
与经济体制的改革相适应，1969年10月，中共中央发布了《关于高等院校下放问题的通知》，该通知规定：国务院各部门所属的高等学校（包括半工半读、函授学校），设在北京市的仍由各有关部门领导；如果搬到外地，可交由其他省、市、自治区革委会领导，与厂矿结合办学的，也可交由厂矿革委会领导；设在其他地方的，交由当地省、市、自治区革委会领导。
教育部所属的高等学校（包括函授学校），全部交由所在省、市、自治区革委会领导。
高等学校在本校所在省、市、自治区以外设有分校或教改机构的，则实行以总校为主、当地革委会为辅的双重领导。
根据上述规定，除国务院各部委所属的在北京的少数院校外，包括北京大学、清华大学在内，都下放归省、市、自治区领导；部分高等院校被撤销或合并。
到1971年，全国原有的434所高等院校，继续办学的还有328所。
这个时期高等教育管理体制的最大特征是管理权力的下放，但是由于从1966年至1975年教育部被撤销，教育事业长期没有专门的主管部门，缺乏宏观的领导和管理，同时各级政府基本上处于瘫痪状态，全国高等学校的管理实际上处于一种失控状态。
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