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明代伊斯兰教的中国化进程还有两方面值得注意:一是经堂教育的提倡，二是伊、儒结合及汉文译著工作的进行。
经堂教育的倡导始自陕西咸阳人胡登洲。
关中中部是穆斯林聚集的地方，胡登洲早年学习儒学，后通晓阿拉伯文和波斯文，对伊斯兰教经典研究颇深。
由于感到国内伊斯兰“经文匮乏，学人寥落，既传译之不明，复阐扬之无自”
，于是决定在家收徒，教授经典，开启了伊斯兰教正规宗教教育的先河。
后其弟子分散在各地，发展为不同学派，有陕西学派、山东学派、云南学派等。
此外，回族系传教思想出现向儒学靠拢的倾向，更多体现出伊、儒结合的特征。
具体说，明代很多回族伊斯兰教学者兼习儒学，使中国汉族传统的伦理纲常（如忠孝思想）、宗族法规（如尊祖敬宗）和伊斯兰教宗教教化功能及其教义融通，成为典型的汉化伊斯兰教。
自此之后蓬勃发展的江南地区穆斯林知识分子的汉文译著工作在一定程度上增强了中国社会对伊斯兰教的理解和认同。
王岱舆的《清真大学》《正教真诠》，张中的《归真总义》，伍遵契的《归真要道》，马注的《清真指南》，刘智的《天方性理》《天方至圣实录》，马德新译《四典要会》、著《性命宗旨》等，由明至清，为伊斯兰教在中国的发展起了理论推动作用。
清代是伊斯兰教发展的衰落期，清政府对伊斯兰教的政策也经历了一个由宽抚利用到严酷镇压的过程。
清初，朝廷为达到安定团结、巩固统治的目的，对伊斯兰教采取“从俗从宜，各安其息”
的政策，通过拉拢民族宗教上层、保留其某些特权、推行乡约制度等方式加强对穆斯林的控制，但客观上有利于伊斯兰教的发展。
从顺治五年（1648）开始，回民以“反清复明”
为口号发动起义使其站在了新政权的对立面;其后，由于清政府“联蒙制汉”
、“护汉抑回”
或“以回制回”
的民族宗教政策使回教受到了严密控制，清人待回教徒至虐，故回教叛清之事亦特别多，回族起义也愈演愈烈。
据史料记载，有“苏四十三之乱”
（《兰州纪略》）、“马明心之乱”
（《石峰堡纪略》）、“张格尔之乱”
（《平定回疆剿擒逆裔方略》）、“杜汶秀之乱”
（《平定云南回匪方略》）、“阿古柏之乱”
（《平定陕甘新疆回匪方略》）。
尤其是“苏四十三之乱”
，清政府进行了残酷镇压，穆斯林的处境在此之后更加困难。
从总体上说，伊斯兰教在清代的地位根本无法和儒、佛、道相提并论，由于清政府一直奉行歧视性的宗教和民族政策，使伊斯兰教民族和中国其他民族的矛盾不断加深，后期还被外国反动势力利用进行分裂活动，使问题更加趋于复杂。
直到民国以后，伊斯兰教才在国内获得了真正平等的传教自由。
基督教和伊斯兰教均属外来宗教，从根本意义来看，并未能嵌入中国古代的宗教文化中。
它们在传播过程中，如果与中国文化符应切近，则呈现出兴盛发展的态势;一旦有矛盾冲突，则必然衰落不振。
相对而言，伊斯兰教中特别是回族系统与中国传统儒学思想多有调和，且传教士并无强劲的政治背景，因此较易成为中国近古宗教的一部分，较少大的冲突。
而基督教在近古伴随着工业革命的兴起，特别是明清以来有欧美资产阶级强国作为后援，所以在很强的政治意识下对中国文化传统的蜕变起着重大的作用，而且成为19世纪中叶以来中西文化冲突与交融的前奏。
这也是近代基督教对中国文化的冲击力与影响力远远超过伊斯兰教的主要原因。
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